中小企業の健康経営｜認定支援に使える補助金・助成金

公開日: 2026年08月22日

中小企業が健康経営優良法人の認定取得や従業員福利厚生の整備に使える補助金・助成金を、働き方改革推進支援助成金や業務改善助成金など実際の制度をもとに解説します。

中小企業が健康経営優良法人の認定取得に向けて労働時間の削減や職場環境の改善に取り組む場合、働き方改革推進支援助成金（上限1,370万円・助成率3/4、事業規模30名以下で一定条件を満たす場合は4/5）や業務改善助成金（厚生労働省）が使える可能性があります。神奈川県内の事業者であれば神奈川県多様な人材が活躍できる職場環境整備支援奨励金（最大120万円）、川崎市内であれば令和8年度川崎市中小企業成長環境支援補助金（補助率1/2・上限200万円）も候補になります。

健康経営に取り組みたいが、費用と手間で止まってしまう

健康経営優良法人の認定を目指す中小企業では、認定基準そのものよりも「基準を満たすための社内の取り組み」に費用と工数がかかることが課題になりがちです。長時間労働の是正、有給休暇の取得促進、勤務間インターバル制度の導入、育児・介護との両立支援、労働環境の改善設備の導入。いずれも従業員の健康と定着に直結しますが、日々の業務を回しながら整備するのは簡単ではありません。

とくに従業員数が数十名規模の企業では、専任の人事担当を置けず、経営者や総務担当が兼務で対応しているケースが多く見られます。「やった方がいいのは分かっているが、後回しになっている」という状態です。こうした取り組みの費用の一部は、国や自治体の補助金・助成金でまかなえる可能性があります。

健康経営・職場環境整備に使える可能性のある制度

【令和8年度】働き方改革推進支援助成金（全国・従業員300名以下）

時間外労働の上限設定、年次有給休暇や特別休暇の取得促進、勤務間インターバル制度の導入などに向けた研修、周知・啓発、労働能率の増進に資する機器設備の導入を対象とする厚生労働省の助成金です。健康経営優良法人の認定基準と重なる項目が多く、認定取得を目指す取り組みと相性のよい制度といえます。

• 対象：資本金3億円以下、または常時使用する労働者数300人以下の事業主
• 助成率：助成上限額と取組に要した費用の3/4のいずれか低い方（事業規模30名以下かつ労働能率の増進に資する設備・機器等の経費が30万円を超える場合は4/5）
• 上限額：13,700,000円（業種別課題対応コース（建設業）の場合）
• 受付終了：2026年11月30日

注意点として、コースや成果目標によって上限額・助成率が大きく変わります。取引環境改善コースおよび団体推進コースでは助成率がかからず定額での助成となります。申請窓口は各事業主の地域を所管する都道府県労働局です。

業務改善助成金（厚生労働省・全国）

事業場内最低賃金を一定額以上引き上げ、あわせて生産性向上に資する設備投資等（機械設備・POSレジ・リフトの導入、コンサルティング、人材育成・教育訓練など）を行った中小企業・小規模事業者に費用の一部を助成する制度です。従業員の処遇改善と作業負担の軽減を同時に進めたい場合の選択肢になります。

• 対象：事業場内最低賃金と地域別最低賃金の差が一定以内の中小企業・小規模事業者
• 助成上限・助成率：引上げ額・人数・賃金水準により変動（公式要確認）
• 窓口：都道府県労働局

賃金引上げが要件となるため、実施前に自社の賃金水準と要件の適合を確認しておく必要があります。

神奈川県多様な人材が活躍できる職場環境整備支援奨励金（神奈川県）

県内中小企業者等が、仕事と育児・介護・不妊治療等の両立、男性の育児休業取得促進、外国人労働者の職場環境整備などに取り組んだ場合にコースごとに交付される奨励金です。健康経営優良法人が評価する「働き方・休み方」「両立支援」の領域を後押しします。

• 交付額：各コース20万円（外国人労働者の職場環境整備コースは20万円または40万円）
• 複数コースの組み合わせで最大120万円（令和7年度実績）
• 申請者は雇用主たる事業者。労働者個人は対象外

令和7年度の募集は令和7年12月1日で終了しています（先着順・予算上限あり）。年度ごとに更新される制度のため、最新年度の募集要項・交付額は県ホームページおよび所管課への確認が必要です。

令和8年度川崎市中小企業成長環境支援補助金（川崎市）

市内中小事業者等が行う生産性向上や人材の確保・定着に資する取組の経費の一部を補助する制度です。人材定着は健康経営の目的そのものと重なるため、川崎市内の事業者は検討対象になります。

• 補助率：1/2、上限額：2,000,000円
• 対象：市内に事業所を有し1年以上事業を営む中小事業者等（個人事業主は市内に事業所があり市内を納税地としていること）
• 受付終了：2026年9月30日

過去2年度以内に同一事業類型の交付決定を受けている場合は対象外となる点に注意してください。

申請までの一般的な流れ

• 1. 公募要領を読む：まず公式サイトで最新の公募要領・交付要綱を入手します。対象者の要件、対象経費の範囲、上限額・補助率、申請期限を自社の状況と突き合わせて確認します。年度ごとに要件が変わる制度が多いため、古い資料や解説記事だけで判断しないことが重要です。
• 2. 取り組み内容を固める：健康経営優良法人の認定基準のうち、自社が満たせていない項目を洗い出し、それを埋める取り組み（研修、制度導入、設備導入など）を具体化します。どの経費がどの制度の対象になるかを整理すると、申請書の説得力が上がります。
• 3. 事前準備をする：見積書、決算書、賃金台帳、就業規則、labor関連の届出書類など、必要書類は制度により異なります。多くの助成金は「交付決定前に発注・支払いをすると対象外」というルールがあるため、着手のタイミングに注意してください。
• 4. 窓口に相談する：厚生労働省系の助成金は都道府県労働局、自治体の補助金は所管課が窓口です。申請前に一度相談しておくと、要件の誤解による不採択を避けやすくなります。
• 5. 申請・実施・報告：申請後に交付決定を受けてから取り組みを実施し、完了後に実績報告を提出して助成額が確定します。実施中の記録や領収書は必ず保管しておきます。

なお、雇用・労働関係助成金の申請手続きは社会保険労務士の業務領域です。当サービスは情報提供のみを行っています。具体的な申請代行が必要な場合は、社会保険労務士へご相談ください。

まとめ：自社に合う制度を探すところから

健康経営優良法人の認定取得や従業員福利厚生の整備に使える制度は、国・都道府県・市区町村の3層に分かれて存在しています。全国対象の助成金だけを見ていると、自治体独自の奨励金を見落とすことになりますし、逆もまた同じです。

「かわさき補助金みっけ」なら、制度名を知らなくても大丈夫です。「従業員の働き方を改善したい」「健康経営の認定を取りたい」といった自社の悩みをそのまま書くだけで、条件に合う可能性のある補助金・助成金を探せます。まずは今の課題を言葉にするところから始めてみてください。

締切が近い案件もあります。最新の公募締切は締切カレンダーでもご確認いただけます。